TÍNH KHÁNG KHÁNG SINH VÀ KẾT QUẢ ĐIỀU TRỊ VIÊM PHỔI DO PHẾ CẦU Ở TRẺ EM DƯỚI 5 TUỔI

LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC NGHIÊN CỨU MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM LÂM SÀNG, CẬN LÂM SÀNG, TÍNH KHÁNG KHÁNG SINH VÀ KẾT QUẢ ĐIỀU TRỊ VIÊM PHỔI DO PHẾ CẦU Ở TRẺ EM DƯỚI 5 TUỔI TẠI BỆNH VIỆN SẢN NHI NGHỆ AN (2019 -2022). Phế cầu khuẩn (Streptococcus pneumoniae) hay phế cầu là vi khuẩn Gram (+), có dạng hình cầu, hiếu khí và gây tan máu alpha, là mầm bệnh quan trọng gây ra viêm phổi cộng đồng, viêm xoang, viêm tai giữa, viêm màng não và nhiễm khuẩn huyết ở trẻ em dưới 5 tuổi với tỷ lệ tử vong cao [1], [2], [3]. Các bệnh do phế cầu là vấn đề sức khỏe cộng đồng được quan tâm trên toàn thế giới [2]. Theo Wahl và CS (2018), mỗi năm trên thế giới có khoảng 317.300 trẻ em dưới 5 tuổi tử vong do phế cầu, tập trung chủ yếu ở các quốc gia có thu nhập thấp [3]. Vi khuẩn này cũng có thể gây ra các nhiễm trùng xâm lấn ở người cao tuổi và người có hệ miễn dịch suy yếu [1].
Viêm phổi là một trong những căn ngguyên chính gây ra tử vong ở trẻ em trên toàn thế giới. Theo số liệu của (WHO) năm 2019, viêm phổi đã gây tử vong cho 740.180 bệnh nhi dưới 5 tuổi, chiếm 14% số ca tử vong ở trẻ em.

Trong đó phế cầu khuẩn gây ra khoảng 12,4 triệu trường hợp viêm phổi, với 318.000 trường hợp tử vong cho đối tượng trẻ dưới 5 tuổi [4]. Tại Việt Nam, hằng năm có khoảng 3 triệu trẻ em dưới 1 tuổi mắc bệnh và khoảng 4000 trẻ tử vong do viêm phổi. Nước ta nằm trong danh sách 15 nước chiếm tới 75% số ca viêm phổi trên thế giới, tỷ lệ tử vong do viêm phổi đứng đầu trong các bệnh lý hô hấp (70%) và chiếm 30-35% tử vong chung ở trẻ em [5]. Theo nghiên cứu của Đào Minh Tuấn và CS (2012) tại bệnh viện Nhi Trung ương, viêm phổi phế cầu ở trẻ em từ 1 tháng đến 5 tuổi chiếm tỷ lệ cao nhất 31,3% [6].
Tại Thái Nguyên, nghiên cứu của Đỗ Ngọc Quynh và CS (2021) cho thấy, tỷ lệ viêm phổi do phế cầu ở trẻ em chiếm tỷ lệ 55,3 % [7].
Vào những năm 1980-1990, tình trạng kháng penicilin ở phế cầu trở nên rất phổ biến nên các kháng sinh nhóm macrolide đã được lựa chọn sử dụng thay thế. Tuy nhiên, chính việc sử dụng các kháng sinh macrolide một cách rộng rãi dân tới tình trạng kháng macrolide lan rộng ở vi khuẩn này [8]. Tỷ lệ kháng macrolide của phế cầu thay đổi theo khu vực địa lý, dao động từ 10% đến trên 90% [8]. Kháng thuốc nhóm Macrolide ở cầu khuẩn nói chung và phế2 cầu nói riêng thường do 2 cơ chế: (1) thay đổi ở vị trí đích trên gen 23S ribosome làm kích hoạt sinh enzyme (được mã hóa bởi các gen thuộc họ erm như erm(A), erm(B), erm(C), erm(E) nằm trên plasmid của vi khuẩn) ngăn chạn quá trình gắn thuốc vào vi khuẩn, (2) tạo ra các kênh bơm thuốc ra khỏi vi khuẩn (được mã hóa bởi các gen như mef và msr) [8], [9]. Tình trạng kháng thuốc của phế cầu ngày càng gia tăng, nhất là ở châu Á, khiến cho việc sử dụng kháng sinh theo kinh nghiệm trở nên ít hiệu quả [10]. Do vậy, những hiểu biết về tình trạng kháng thuốc và cơ chế kháng thuốc là rất cần thiết để đưa ra những hướng dân sử dụng kháng sinh phù hợp, hiệu quả trong điều trị các bệnh do phế cầu [11].
Ở Việt Nam, đã có một số nghiên cứu về đạc điểm lâm sàng, cận lâm sàng của bệnh viêm phổi do vi khuẩn nói chung và viêm phổi do phế cầu (VPPC) nói riêng ở trẻ em [5], [12], [13]. Các nghiên cứu cho thấy, đạc điểm lâm sàng, cận lâm sàng viêm phổi do phế cầu và tình trạng kháng thuốc thay đổi theo thời gian và địa điểm. Ngoài ra, các nghiên cứu còn cho thấy tỷ lệ kháng kháng sinh nhóm macrolide ở phế cầu khá cao (trên 75%) [14], [15] và có sự xuất hiện của một số gen như erm(A), erm(B), mef(A) và msr(D) liên quan đến kháng thuốc [16], [17], [18]. Các vấn đề này ở Nghệ An thì sao?
Thực tế cho thấy, dữ liệu về tình trạng kháng thuốc và các gen liên quan đến kháng thuốc của phế cầu tại Nghệ An còn rất hạn chế. Chính vì lý do đó, nghiên cứu này được thực hiện nhằm mục tiêu
1. Mô tả đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng bệnh viêm phổi do phế cầu ở
trẻ em từ 2 tháng đến dưới 5 tuổi điều trị tại Bệnh viện Sản Nhi Nghệ An
(2019-2022).
2. Xác định tỷ lệ kháng kháng sinh và một số gen liên quan đến kháng thuốc của một số chủng phế cầu khuẩn phân lập từ bệnh nhân.
3. Đánh giá kết quả điều trị và một số yếu tố ảnh hưởng đến kết quả điều trị viêm phổi do phế cầu ở trẻ em từ 2 tháng đến dưới 5 tuổi điều trị tại Bệnh viện Sản Nhi Nghệ An (2019-2022)

MỤC LỤC
ĐẶT VẤN ĐỀ ………………………………………………………………………………………1
Chương 1……………………………………………………………………………………………..3
TỔNG QUAN TÀI LIỆU ……………………………………………………………………..3
1.1. Một số đạc điểm chung về viêm phổi và viêm phổi do phế cầu……………. 3
1.1.1. Khái niệm viêm phổi……………………………………………………………………. 3
1.1.2. Nguyên nhân ………………………………………………………………………………. 3
1.1.3. Cơ chế bệnh sinh và các yếu tố thuận lợi trong viêm phổi………………… 4
1.1.4. Một số đạc điểm dịch tễ học viêm phổi do phế cầu………………………….. 6
1.1.5. Đạc điểm lâm sàng, cận lâm sàng viêm phổi phế cầu ………………………. 8
1.2. Đạc điểm sinh lý, miễn dịch và khả năng gây bệnh của phế cầu…………. 11
1.2.1. Lịch sử nghiên cứu phế cầu ………………………………………………………… 11
1.2.2. Đạc điểm sinh lý, miễn dịch………………………………………………………… 12
1.2.3. Cơ chế và khả năng gây bệnh của Streptococcus pneumoniae …………. 16
1.3. Chẩn đoán nhiễm phế cầu ……………………………………………………………… 20
1.3.1. Bệnh phẩm………………………………………………………………………………… 20
1.3.2. Các phương pháp chẩn đoán nhiễm phế cầu………………………………….. 20
1.4. Điều trị viêm phổi do phế cầu………………………………………………………… 21
1.4.1. Nguyên tắc điều trị…………………………………………………………………….. 21
1.4.2. Điều trị cụ thể……………………………………………………………………………. 21
1.5. Vấn đề kháng thuốc và một số gen liên quan đến kháng thuốc ở
Streptococcus pneumoniae…………………………………………………………………… 25
1.5.1. Đạc điểm kháng thuốc của phế cầu………………………………………………. 25
1.5.2. Một số gen liên quan đến kháng thuốc ở phế cầu…………………………… 30
Chương 2 ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ……………35
2.1. Mô tả đạc điểm lâm sàng, cận lâm sàng bệnh viêm phổi do phế cầu ở trẻ
em dưới 5 tuổi tại Bệnh viện Sản Nhi Nghệ An (2019-2022) …………………… 35
2.1.1. Đối tượng, địa điểm và thời gian nghiên cứu ………………………………… 35
2.1.2. Nội dung nghiên cứu………………………………………………………………….. 36
2.1.3. Nguyên vật liệu và trang thiết bị sử dụng trong nghiên cứu…………….. 36
2.1.4. Phương pháp nghiên cứu…………………………………………………………….. 37vi
2.1.5. Các kỹ thuật sử dụng trong nghiên cứu ………………………………………… 39
2.1.6. Xử lý và phân tích số liệu …………………………………………………………… 44
2.2. Xác định tỷ lệ kháng kháng sinh và một số gen liên quan đến kháng thuốc
của phế cầu khuẩn ………………………………………………………………………………. 49
2.2.1. Đối tượng, địa điểm và thời gian nghiên cứu ………………………………… 49
2.2.2. Nội dung nghiên cứu………………………………………………………………….. 49
2.2.3. Nguyên vật liệu, trang thiết bị sử dụng trong nghiên cứu ……………….. 49
2.2.4. Phương pháp nghiên cứu…………………………………………………………….. 51
2.2.5. Các kỹ thuật sử dụng trong nghiên cứu ………………………………………… 52
2.2.6. Xử lý số liệu nghiên cứu …………………………………………………………….. 55
2.3. Đánh giá kết quả điều trị và một số yếu tố liên quan đến kết quả điều trị
viêm phổi do phế cầu ………………………………………………………………………….. 56
2.3.1. Đối tượng, địa điểm và thời gian nghiên cứu ………………………………… 56
2.3.2. Nguyên vật liệu, trang thiết bị sử dụng…………………………………………. 56
2.3.3. Nội dung nghiên cứu………………………………………………………………….. 57
2.3.4. Phương pháp nghiên cứu…………………………………………………………….. 57
2.3.5. Các kỹ thuật sử dụng trong nghiên cứu ………………………………………… 58
2.3.6. Xử lý số liệu nghiên cứu …………………………………………………………….. 58
2.4. Đạo đức trong nghiên cứu……………………………………………………………… 59
2.4.1. Thông qua Hội đồng khoa học và Hội đồng đạo đức trong nghiên cứu… 59
2.4.2. Bảo vệ danh tính của đối tượng nghiên cứu ………………………………….. 59
2.4.3. Thủ tục hồ sơ và Bệnh án nghiên cứu…………………………………………… 59
2.4.4. Đảm bảo an toàn cho bệnh nhân ………………………………………………….. 60
2.4.5. Bảo quản sản phẩm nghiên cứu …………………………………………………… 60
Chương 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU…………………………………………………61
3.1. Một số đạc điểm lâm sàng và cận lâm sàng của viêm phổi do phế cầu… 61
3.1.1. Đạc điểm chung của 193 trẻ viêm phổi do phế cầu trong nghiên cứu.. 61
3.1.2. Một số đạc điểm lâm sàng…………………………………………………………… 64
3.1.3. Một số đạc điểm cận lâm sàng…………………………………………………….. 66
3.2.1. Tỷ lệ kháng kháng sinh của 193 chủng phế cầu …………………………….. 74
3.2.2. Kết quả phân tích kháng tình trạng kháng kháng sinh của phế cầu…… 77vii
3.3. Kết quả điều trị và một số yếu tố liên quan đến kết quả điều trị viêm phổi
do phế cầu………………………………………………………………………………………….. 82
3.3.1. Kết quả điều trị viêm phổi phế cầu ………………………………………………. 82
3.3.2. Một số yếu tố ảnh hưởng tới kết quả điều trị…………………………………. 84
CHƯƠNG 4: BÀN LUẬN …………………………………………………………………..91
4.1. Một số đạc điểm lâm sàng và cận lâm sàng của viêm phổi do phế cầu… 91
4.1.1. Đạc điểm chung của đối tượng nghiên cứu …………………………………… 91
4.1.2. Một số đạc điểm lâm sàng viểm phổi do phế cầu…………………………… 97
4.1.3. Một số đạc điểm cận lâm sàng viêm phổi do phế cầu …………………… 102
4.2. Xác định tỷ lệ kháng kháng sinh và một số gen liên quan đến kháng thuốc
của phế cầu khuẩn …………………………………………………………………………….. 106
4.2.1. Tình trạng kháng kháng sinh của phế cầu……………………………………. 106
4.2.2. Gen liên quan đến kháng thuốc nhóm macrolide của phế cầu………… 111
4.3. Kết quả điều trị và một số yếu tố liên quan đến kết quả điều trị viêm phổi
do phế cầu………………………………………………………………………………………… 113
4.3.1. Kết quả điều trị………………………………………………………………………… 113
4.3.2 Một số yếu tố ảnh hưởng tới kết quả điều trị viêm phổi do phế cầu … 116
KẾT LUẬN ………………………………………………………………………………………121
KIẾN NGHỊ……………………………………………………………………………………..123
HẠN CHẾ CỦA NGHIÊN CỨU CÁC CÔNG TRÌNH KHOA HỌC ĐÃ
CÔNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN
TÀI LIỆU THAM KHẢO
PHỤ LỤCviii
DANH MỤC BẢNG
Bảng 1.1. Phân loại viêm phổi ở trẻ từ 2 tháng – 60 tháng tuổi ………………… 10
Bảng 1.2. Các yếu tố độc lực và vai trò trong cơ chế bệnh sinh của phế cầu. 17
Bảng 1.3. Lựa chọn kháng sinh theo kháng sinh đồ trong viêm phổi phế cầu ….. 24
Bảng 1.4. Tỷ lệ kháng kháng sinh nhóm Macrolide của phế cầu ở một số khu
vực trên thế giới …………………………………………………………………… 28
Bảng 1.5. Tỷ lệ mang gen erm(B) và mef(A/E) của phế cầu ở một số khu vực
trên thế giới …………………………………………………………………………. 32
Bảng 1.6. Tần suất mang gen erm(B) và mef(A/E) của phế cầu ở một số nước
khu vực Châu Á …………………………………………………………………… 32
Bảng 2.1. Danh sách các mồi sử dụng để xác định một số type huyết thanh
phổ biến của S. pneumoniae ………………………………………………….. 42
Bảng 2.2. Giá trị bình thường một số chỉ số sinh hóa………………………………. 44
Bảng 2.3. Các biến số, cách đó lường và phương pháp thu thập đạc điểm lâm
sàng, cận lâm sàng ……………………………………………………………….. 44
Bảng 2.4. Các mồi sử dụng khuếch đại gen cpsA và 16S của phế cầu ………. 50
Bảng 2.5. Danh sách các mồi sử dụng để xác định sự có mạt của gen erm(B)
và gen mef(A) ở phế cầu……………………………………………………….. 51
Bảng 2.6. Các loại kháng sinh sử dụng để điều trị cho bệnh nhân …………….. 57
Bảng 2.7. Các biến số đánh giá kết quả điều trị………………………………………. 58
Bảng 3.1. Một số đạc điểm của đối tượng nghiên cứu …………………………….. 61
Bảng 3.2. Tiền sử sản khoa của trẻ trước khi nhập viện…………………………… 62
Bảng 3.3. Tiền sử tiêm chủng mở rộng………………………………………………….. 62
Bảng 3.4. Đạc điểm nuôi dưỡng và tiền sử bệnh tật………………………………… 63
Bảng 3.5. Thời điểm trẻ nhập viện trong năm ………………………………………… 63
Bảng 3.6. Thời gian từ khi bị bệnh đến khi vào viện và tình trạng sử dụng
kháng sinh trước khi nhập viện………………………………………………. 64
Bảng 3.7. Mức độ sốt phát hiện lúc nhập viện………………………………………… 65
Bảng 3.8. Các triệu chứng thực thể khám được lúc nhập viện ………………….. 65
Bảng 3.9. Kết quả xét nghiệm bạch cầu, CRP trong máu ngoại vi…………….. 66
Bảng 3.10. Thay đổi một số chỉ số sinh hóa …………………………………………… 67ix
Bảng 3.11. Tổn thương trên X-quang phổi…………………………………………….. 68
Bảng 3.12. Phân bố type huyết thanh theo tình trạng sử dụng kháng sinh trước
khi nhập viện……………………………………………………………………….. 72
Bảng 3.13. Phân bố type huyết thanh theo mức độ nạng của bệnh ……………. 73
Bảng 3.14. Tình trạng kháng kháng sinh của phế cầu ……………………………… 74
Bảng 3.15. Phân loại kháng kháng sinh của phế cầu theo thực trạng tiêm vắc
xin phòng phế cầu ở trẻ dưới 5 tuổi………………………………………… 75
Bảng 3.16. Phân loại tình trạng kháng kháng sinh của phế cầu theo thực trạng
sử dụng kháng sinh trước khi nhập viện ở trẻ dưới 5 tuổi …………. 76
Bảng 3.17. Tỷ lệ kháng kháng sinh của các type huyết thanh ở 126 chủng phế
cầu phân lập từ bệnh nhân chưa được tiêm vắc xin…………………… 79
Bảng 3.18. Tần xuất mang gen erm(B) và mef(A) của các chủng phế cầu
kháng kháng sinh nhóm Macrolide…………………………………………. 80
Bảng 3.19. Thời gian nằm viện của trẻ bị viêm phổi phế cầu …………………… 83
Bảng 3.20. Ảnh hưởng của tuổi đến kết quả điều trị ……………………………….. 84
Bảng 3.21. Ảnh hưởng của giới tính đến kết quả điều trị…………………………. 85
Bảng 3.22. Ảnh hưởng của tiêm vắc xin phòng phế cầu đến kết quả điều trị 85
Bảng 3.23. Ảnh hưởng của việc sử dụng kháng sinh trước khi vào viện đến
kết quả điều trị …………………………………………………………………….. 86
Bảng 3.24. Ảnh hưởng của sữa mẹ đến kết quả điều trị …………………………… 87
Bảng 3.25. Ảnh hưởng của mức độ viêm phổi đến kết quả điều trị …………… 87
Bảng 3.26. Ảnh hưởng của tiền sử mắc bệnh lý đường hô hấp đến kết quả
điều trị ………………………………………………………………………………… 88
Bảng 3.27. Ảnh hưởng của bệnh lý kèm theo đến kết quả điều trị…………….. 88
Bảng 3.28. Ảnh hưởng của tình trạng thiếu máu đến kết quả điều trị………… 89
Bảng 3.29. Kết quả phân tích đa biến các yếu tố ảnh hưởng tới kết quả điều trị
viêm phổi phế cầu ở trẻ em……………………………………………………. 89x
DANH MỤC HÌNH
Hình 1.1. Yếu tố độc lực của S. pneumoniae………………………………………….. 14
Hình 1.2. Các yếu tố độc lực của phế cầu………………………………………………. 16
Hình 1.3. Các giai đoạn phát triển của phế cầu trong cơ thể người……………. 18
Hình 3.1. Phân bố đối tượng theo khu vực cư trú Tỷ lệ trẻ bị viêm phổi phế
cầu chủ yếu đến từ khu vực nông thôn, miền núi chiếm (96,37%).61
Hình 3.2. Triệu chứng lâm sàng trước khi nhập viện ………………………………. 64
Hình 3.3. Phân loại mức độ viêm phổi phế cầu ở trẻ……………………………….. 66
Hình 3.4. Phân loại tình trạng thiếu máu ở trẻ viêm phổi phế cầu ……………. 67
Hình 3.5. Kết quả điện di sản phẩm PCR khếch đại gen cpsA………………….. 68
Hình 3.6. Cây phát sinh loài xác định mối quan hệ về loài ………………………. 69
Hình 3.7. Phân bố các kiểu gen của phế cầu…………………………………………… 70
Hình 3.8. Sản phẩm phản ứng PCR đa mồi phát hiện các type huyết thanh
6A/B, 9V, 15A và 15B/C (phản ứng PCR 2) …………………………… 71
Hình 3.9. Phân bố type huyết thanh theo nhóm tuổi………………………………… 71
Hình 3.10. Tần suất đa kháng thuốc của phế cầu gây viêm phổi ở trẻ em dưới
5 tuổi tại Nghệ An………………………………………………………………… 77
Hình 3.11. Tỷ lệ kháng với các kháng sinh của 126 chủng phế cầu…………… 78
Hình 3.12. Kết quả xác định tình trạng kháng thuốc ……………………………….. 80
Hình 3.13. Kết quả chạy PCR phát hiện gen ermB ở phế cầu…………………… 81
Hình 3.14. Kết quả chạy PCR phát hiện gen mef(A) ở phế cầu………………… 81
Hình 3.15. Tỷ lệ các biện pháp điều trị………………………………………………….. 82
Hình 3.16. Tỷ lệ bệnh nhân sử dụng kháng sinh theo kháng sinh đồ…………. 82
Hình 3.17. Số loại kháng sinh được sử dụng trong điều trị ………………………. 83
Hình 3.18. Tình trạng bệnh nhi khi ra viện…………………………………………….. 8