Đặc điểm phân tử đoạn gen M của vi rút Hanta trên chuột tại một số điểm ở Hà Nội từ 2015 – 2017

Đặc điểm phân tử đoạn gen M của vi rút Hanta trên chuột tại một số điểm ở Hà Nội từ 2015 – 2017
Molecular characteristics of M gene fragment of hantavirus in rats collected at some sites in Hanoi, 2015 -2017
Tác giả: Bùi Thị Huyền My, Lê Thị Thanh Hải, Phạm Anh Tuấn, Nguyễn Tuyết Thu, Nguyễn Vĩnh Đông, Ngô Châu Giang, Nguyễn Thị Kiều Anh
Tóm tắt:
Nghiên cứu nhằm mô tả đặc điểm nucleotide (Nt), axit amin (aa) và cây gia hệ dựa trên đoạn gen M kích thước 418bp (vị trí 1936-2353) của vi rút hanta lưu hành trên chuột tại một số điểm ở Hà Nội, năm 2015 – 2017. Tổng số 14/422 mẫu phổi chuột dương tính với vi rút hanta được tách chiết ARN và thực hiện kỹ thuật sequencing trực tiếp giải trình tự đoạn gen M. Phân tích đặc điểm Nt, aa và dựng cây gia hệ bằng các phần mềm tin sinh học Larsergene DNA Star – MeAlign và Mega 7.0. Kết quả cho thấy các chủng vi rút hanta trên chuột tại Hà Nội, năm 2015 – 2017 chia thành hai nhóm, nhóm 1 được tạo với các vi rút hanta khác lưu hành ở Việt Nam trước đó và các chủng Trung quốc, Hàn Quốc, Nhật Bản và Singapore, trong khi đó nhóm 2 được tạo bởi các vi rút lưu hành tại Hà Nội và Trung Quốc. Xuất hiện các đột biến chỉ tìm thấy ở vi rút han ta lưu hành tại Hà Nội trong nghiên cứu này là A15P, W13L/G và E19K. Kết quả nghiên cứu gợi ý rằng vi rút hanta lưu hành tại Việt Nam và một số quốc gia lân cận có chung nguồn gốc, từ đó lan truyền và tạo thành các nhóm khác nhau, các cluster khác nhau. Có ít nhất 2 nhóm vi rút hanta lưu hành tại Hà Nội và có sự lây truyền vi rút hanta giữa Trung Quốc và Việt Nam (Hà Nội) hoặc ngược lại rồi từ đó tạo thành các cluster khác nhau.