Một số đặc điểm sinh học phân tử của vi rút viêm não Nhật Bản tại tỉnh Bắc Giang, 2004-2017

Một số đặc điểm sinh học phân tử của vi rút viêm não Nhật Bản tại tỉnh Bắc Giang, 2004-2017
Molecular characterization of Japanese encephalitis virus in Bacgiang province, 2004- 2017
Tác giả: Dương Thị Hiển, Đỗ Phương Loan,Bùi Minh Trang, Nguyễn Thành Luân, Phan Thị Ngà
Tóm tắt:
Nghiên cứu một số đặc điểm sinh học phân tử của vi rút viêm não Nhật Bản (VNNB) tại Bắc Giang 2004-2017 được thực hiện dựa trên mẫu bệnh phẩm dịch não tuỷ của bệnh nhân có hội chứng viêm não cấp được xác định là vi rút VNNB bằng kỹ thuật ELISA-NS1 phát hiện kháng nguyên VNNB và phân lập trên tế bào C6/36. Kết quả xác định được 1 chủng vi rút VNNB (04VN76 ) và 3 mẫu vi rút VNNB phát hiện từ dịch não tủy của bệnh nhân VNNB ( 07CSF215, 07CSF235 và 17CSF02). Kết quả giải trình tự nucleotide vùng gen E đã xác định chủng vi rút VNNB phân lập 2004 thuộc genotype III (GIII) và 3 mẫu vi rút VNNB phát hiện trong dịch não tủy của bệnh nhân VNNB 2007, 2017 thuộc genotype I (GI). Sự khác biệt trung bình về trình tự nucleotide giữa các chủng vi rút VNNB GIII ở Bắc Giang và các khu vực khác của Việt Nam là 2,5%. Sự khác biệt về trình tự nucleotide giữa các mẫu vi rút VNNB GI tại Bắc Giang với nhau, cũng như sự khác biệt giữa 3 mẫu vi rút này với các chủng vi rút VNNB GI khác tại Việt Nam và các chủng GI-b trong khu vực, với tỷ lệ khác biệt lần lượt là 2,6%-3,5%- 6,1%. Có 8 vị trí thay đổi acid amin với kiểu thay thế không bảo tồn khi so sánh trình tự acid amin của 3 mẫu vi rút VNNB tại Bắc Giang. Phân tích haloptype của ba mẫu vi rút tại 4 vị trí acid amin tương ứng là 123, 209, 227 và 408, cả ba mẫu vi rút đều có haloptype là NKSS.