Năng lực xét nghiệm vi sinh và thực trạng kháng kháng sinh tại một số bệnh viện đa khoa tuyến tỉnh năm 2012 – 2015

Luận án tiến sĩ y học Năng lực xét nghiệm vi sinh và thực trạng kháng kháng sinh tại một số bệnh viện đa khoa tuyến tỉnh năm 2012 – 2015.Tại các bệnh viện, kết quả xét nghiệm vi sinh đảm bảo chất lượng đóng vai trò quan trọng trong chẩn đoán, điều trị, dự phòng và giám sát các bệnh nhiễm khuẩn [1],[2].

Trong điều trị bệnh nhiễm khuẩn, việc phát minh ra kháng sinh là một cuộc cách mạng. Tuy nhiên, việc sử dụng kháng sinh không hợp lý trong điều trị đã tạo điều kiện cho vi khuẩn thích nghi và trở nên kháng thuốc. Phòng xét nghiệm vi sinh phát hiện kịp thời, chính xác tác nhân gây bệnh và mức độ kháng kháng sinh của vi khuẩn; Triển khai tốt xét nghiệm vi sinh sẽ giúp các bác sĩ lâm sàng lựa chọn kháng sinh điều trị và xây dựng hướng dẫn sử dụng kháng sinh phù hợp, giảm chi phí; cũng như đề ra những biện pháp phòng ngừa, ngăn chặn vi khuẩn kháng thuốc lan tràn trong cộng đồng [3],[4]. Vì vậy, việc nâng cao năng lực phòng xét nghiệm vi sinh lâm sàng là một trong những giải pháp quan trọng hạn chế gia tăng kháng kháng sinh tại các bệnh viện.
Trên thế giới, kháng kháng sinh đang trở thành vấn đề đáng báo động, xuất hiện nhiều loài vi khuẩn đa kháng làm cho việc điều trị hết sức khó khăn [5]. Các bệnh viện ở Việt Nam cũng đang phải đối mặt với tốc độ lan rộng của những chủng vi khuẩn đa kháng [6],[7],[8]. Gánh nặng do kháng thuốc ngày càng tăng lên do chi phí điều trị tăng, ngày điều trị kéo dài, ảnh hưởng đến sức khỏe người bệnh, cộng đồng và sự phát triển chung của xã hội. Tổ chức Y tế Thế giới đã kêu gọi các quốc gia phải có kế hoạch kịp thời để đối phó với tình trạng kháng kháng sinh [3]. Do đó, việc thực hiện kế hoạch chống kháng thuốc mang tính toàn diện, tổng thể, dài hạn là hết sức cần thiết đối với Việt Nam trong giai đoạn hiện nay.
Năm 2013, Bộ Y tế đã phê duyệt Kế hoạch hành động quốc gia về chống kháng thuốc, giai đoạn từ năm 2013 đến năm 2020, trong đó nêu rõ mục tiêu tăng cường, hoàn thiện, nâng cao năng lực hệ thống giám sát mức độ kháng kháng sinh, mà đặc biệt là vai trò của các phòng xét nghiệm vi sinh lâm sàng [3].
Cho tới nay, những điều tra về năng lực của phòng xét nghiệm vi sinh có rất ít. Một vài điều tra ở phạm vi nhỏ đã chỉ ra thực trạng một số phòng xét nghiệm vi sinh chưa đáp ứng yêu cầu về nhân lực, có phòng xét nghiệm vi sinh không có bác sĩ, kiến thức vi sinh lâm sàng của nhân viên các phòng xét nghiệm còn hạn chế [9],[10],[11]. Với phần lớn các bệnh viện tuyến tỉnh, nơi mà xét nghiệm vi sinh còn chưa được quan tâm đúng mức thì vẫn còn nhiều câu hỏi được đặt ra: năng lực xét nghiệm vi sinh của các bệnh viện hiện nay ra sao? những yếu tố nào liên quan đến việc triển khai hiệu quả xét nghiệm vi sinh tại các bệnh viện? Nguyên nhân của những bất cập do đâu? Đây là những câu hỏi mà còn chưa có câu trả lời đầy đủ, rõ ràng.
Xuất phát từ tình hình thực tế trên, nghiên cứu được thực hiện nhằm đánh giá năng lực xét nghiệm Vi sinh của bệnh viện tuyến tỉnh, thực trạng kháng kháng sinh của một số vi khuẩn gây bệnh thường gặp tại bệnh viện, cũng như phân tích một số yếu tố liên quan đến năng lực xét nghiệm vi sinh để từ đó giúp các bệnh viện nâng cao chất lượng xét nghiệm. Nghiên cứu cũng giúp các bệnh viện trung ương lập kế hoạch hỗ trợ, chuyển giao kỹ thuật xét nghiệm vi sinh cho các bệnh viện tuyến tỉnh thông qua hoạt động đào tạo và chỉ đạo tuyến, góp phần nâng cao chất lượng chẩn đoán, điều trị và kiểm soát kháng kháng sinh.
Nghiên cứu “Năng lực xét nghiệm vi sinh và thực trạng kháng kháng sinh tại một số bệnh viện đa khoa tuyến tỉnh năm 2012 – 2015" được thực hiện với 2 mục tiêu:
1.    Mô tả năng lực xét nghiệm vi sinh của 26 bệnh viện đa khoa tuyến tỉnh và thực trạng kháng kháng sinh tại 2 bệnh viện năm 2012 – 2015.
2.    Phân tích một số yếu tố liên quan đến năng lực xét nghiệm vi sinh và chỉ định xét nghiệm của bác sĩ lâm sàng. 
MỘT SỐ CÔNG TRÌNH NGHIÊN CỨU ĐÃ CÔNG BỐ
LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN
1.    Nguyễn Thị Mỹ Châu, Đoàn Mai Phương, Nguyễn Quốc Anh, Nguyễn Hoàng Long (2015). Thực trạng năng lực xét nghiệm vi sinh tại một số bệnh viện tuyến tỉnh, Tạp chí Y học lâm sàng Bệnh viện Bạch Mai tháng 8 số 87, tr 83-90.
2.    Nguyễn Thị Mỹ Châu, Đoàn Mai Phương, Nguyễn Quốc Anh (2015). Nhận xét về thực trạng và nhu cầu xét nghiệm vi sinh tại một số bệnh viện tuyến tỉnh qua ý kiến của các bác sĩ lâm sàng, Tạp chí Y học lâm sàng Bệnh viện Bạch Mai tháng 11 số 90, tr 83-90. 
1.    Bộ Y tế (2010). Chương trình hành động quốc gia về nâng cao năng lực quản lý phòng xét nghiệm y học đến năm 2020. Quyết định số 3701/QĐ – BYT ngày 05/10/2010 của Bộ Y tế.
2.    Bộ Y tế (2013). Thông tư số 01/2013/TT-BYT hướng dẫn quản lý chất lượng xét nghiệm tại cơ sở khám bệnh, chữa bệnh.
3.    Bộ Y tế (2013). Kế hoạch hành động quốc gia về chống kháng thuốc giai đoạn từ năm 2013 đến năm 2020. Quyết định số 2174/QĐ-BYT ngày 21/6/2013 của Bộ Y tế.
4.    Bộ Y tế (2016), Hướng dẫn quản lý sử dụng kháng sinh trong bệnh viện. Quyết định số 772/QĐ-BYT ngày 04/3/2016 của Bộ Y tế.
5.    World Health Organization – WHO (2014). Antimicrobial resistance.
Global report on surveillance. 9-30.
6.    Trần Thị Lan Phương và cs. (2010). Vi khuẩn thường gặp và mức độ nhạy cảm với kháng sinh tại Bệnh viên Hữu nghị Việt Đức, Hội thảo khoa học: Các điểm mới về đề kháng và vai trò của vi sinh lâm sàng, 17- 27.
7.    Diep, T.S. (2009). Antibiotic resistance in Hospital Tropical Disease.
The 1st GARP's workshop.
8.    Phuong, D.M. (2009). Quality issues in resistance testing and data in Vietnam. The 1st GARP's workshop.
9.    Nguyễn Văn Kính, nhóm Nghiên cứu Quốc gia của GARP – Việt Nam (2010). Phân tích thực trạng: Sử dụng kháng sinh và kháng kháng sinh ở Việt Nam. The GARP's workshop.
10.    Nguyễn Thị Tuyến, Đinh Hữu Dung (2010). Nghiên cứu đánh giá chất lượng chẩn đoán vi sinh của các phòng xét nghiệm tuyến tỉnh, Đề tài nghiên cứu cấp Bộ, Bộ Y tế. 
11.    Nguyễn Thị Hà và cộng sự. (2006). Nghiên cứu thực trạng nguồn nhân lực, trang thiết bị, nhu cầu đào tạo sau đại học của các phòng xét nghiệm tuyến tỉnh Việt Nam, Đề tài nghiên cứu cấp Bộ, Bộ Y tế.
12.    Rachna Agarwal, Sujata Chaturvedi, Neelam Chillar (2012). Role of
Intervention on Laboratory Performance:    Evaluation of Quality
Indicators in a Tertiary Care Hospital. Journal of Clinical Biochemistry 27(1): 61-68.
13.    Daniel J. Diekema, Michael A. Saubolle (2011). Clinical Microbiology and Infection Prevention. Journal of Clinical Microbiology, vol 49, No9, p.S57-S60.
14.    Lance R. Peterson, John D. Hamilton, Ellen Jo Baron (2001). Role of Clinical Microbiology Laboratories in the Management and Control of Infectious Diseases and the Delivery of Health Care. Clinical Infectious Diseases; 32:605-11.
15.    Virk A, Steckelberg JM. et al (2000). Clinical aspects of antimicrobial resistance. Mayo Clin Proc; 75:200-14.
16.    Gary V. Doern (2014). The Value of Outcomes Data in the Practice of Clinical Microbiology. Journal of Clinical Microbiology. 2014 May; 52(5): 1314-1316.
17.    Susan E. Sharp, Melissa B. Miller, Janet Hindler (2015). Individualized Quality Control Plan (IQCP): Is It Value-Added for Clinical Microbiology? Journal of Clinical Microbiology. 2015 Dec; 53(12): 3719-3722.
18.    International standard – ISO 15189 (2007). Medical laboratories Particular requirements for quality and competence. ISO 15189. 2nd ed. CH-1211 Geneva 20, Switzerland.76.
19.    Goto. M, et al (2007). Current biosafety in clinical laboratories in Japan: report of questionnaires' data obtained from clinical laboratory personnel in Japan, Kansenshogaku Zasshi. 81(1), tr. 39-44.
20.    Lê Văn Phủng và cộng sự (1996). Kết quả đánh giá chất lượng một số khoa Vi sinh lâm sàng ở Việt Nam qua 6 năm (1989 – 1994).
21.    Nguyễn Anh Dũng, Nguyễn Bình Minh (2009). Đánh giá mức độ an toàn sinh học phòng thí nghiệm tại một số Trung tâm Y tế dự phòng tuyến tỉnh, thành phố và đề xuất giải pháp can thiệp. Đề tài nghiên cứu khoa học cấp Bộ. Bộ Y tế.
22.    Nguyễn Xuân Tùng (2015). Thực trạng và hiệu quả can thiệp đảm bảo an toàn sinh học tại phòng xét nghiệm Vi sinh của Trung tâm Y tế dự phòng tuyến tỉnh, Luận án tiến sĩ y học, Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương.
23.    Bộ Y tế (2013). Tiêu chí đánh giá chất lượng bệnh viện. Quyết định 4858/QĐ-BYT ngày 03/12/2013 của Bộ Y tế.
24.    Bệnh viện Bạch Mai (2014). Báo cáo tổng kết Đề án Bệnh viện vệ tinh giai đoạn 2009 – 2013. Hội nghị tổng kết Đề án Bệnh viện vệ sinh Bệnh viện Bạch Mai.
25.    Bệnh viện Bạch Mai (2014). Báo cáo kết quả đào tạo chỉ đạo tuyến năm 2014. Hội nghị Đào tạo chỉ đạo tuyến Bệnh viện Bạch Mai.
26.    Lê Văn Phủng (2009). Pseudomonas aeruginosa, Vi khuẩn y học. Nhà xuất bản Giáo dục Việt Nam, Hà Nội, 290- 305.
27.    Nguyễn Vũ Trung (2009). Acinetobacter. Vi khuẩn y học. Nhà xuất bản Giáo dục Việt Nam, Hà Nội, 319 – 336.
28.    Đoàn Mai Phương, Nguyễn Xuân Quang và cs (2005). Tình hình kháng kháng sinh của các vi khuẩn phân lập tại bệnh viện Bạch Mai năm 2003, Hội nghị tổng kết hoạt động theo dõi sự kháng thuốc của vi khuẩn gây bệnh thường gặp tại Việt Nam năm 2004, 17.
29.    Hướng dẫn sử dụng kháng sinh (2000). Nhà xuất bản Y học, Hà Nội.
30.    National Nosocomial Surveillance (NNIS) System (2002). NNIS System report: Data summary from January 1992 to June 2002, Am I infect Control, Vol.30,.458 -475.
31.    Centers for Disease Control and Prevention – CDC (2011). Guidelines for the Prevention of Intravascular Catheter-Related Infections.
32.    Ferrara A (2006). Potentially multidrug – resistant non – fermentative Gram -negative pathogens causing nosocomial pneumonia, International Journal of Antimicobial Agent, 183 -195.
33.    Kim TM, Park ES, Jeong JS, Kim KM et al (2002). Multicenter surveillance study for nosocomial infections in major hospital in Korea,
Am J Infection Control Dec, 28.
34.    F. Koksal, K. Ak, O. Kucukbasmaci, M. Samasti (2009). Prevalence and antimicrobial resistance patterns of extended-spectrum beta-lactamase- producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae isolated from blood cultures in an Istanbul University Hospital, Chemotherapy, 55(4):293-297.
35.    Wang J, Stephan R, Power K (2014). Nucleotide sequences of 16 transmissible plasmids identified in nine multidrug-resistant Escherichia coli isolates expressing an ESBL phenotype isolated from food- producing animals and healthy humans. J Antimicrob Chemother, 69(10):2658-2668.
36.    Hilary H, Bob W and Mical P (2013). Infections in the adults intensive care unit. Springer. 36-39.
37.    Pawel Nowak, Paulina Paluchowska, Alicja Budak (2012). Distribution of blaOXA genes among carbapenem-res stant Acinetobacter baumannii nosocomial strains in Poland, New Microbiologica, 35, 317-325.
38.    Afaf I. Shehata (2012). Phenotypic and genotypic typing of multidrug- resistant Acinetobacter baumannii by plasmid profiles and multiplex – PCR typing, Science Journal of Microbiology, 274.
39.    Al-Tawfiq JA, Abed MS (2010). Decreasing ventilator-associated pneumonia in adult intensive care units using the Institute for Healthcare Improvement bundle. Am JInfect Control. 38(7):552-6.
40.    Association for Professionals in Infection Control and epidemiology – APIC (2009). Guide to the Elimination of Ventilator-Associated Pneumonia.
41.    F. Perez, A. M. Hujer, K. M. Hujer (2007). Global challenge of multidrug-resistant Acinetobacter baumannii, Antimicrob Agents Chemother, 51(10):3471-3484.
42.    Ming-Feng Lin, Kai-Chih Chang, Chung-Yu Lan (2011). Molecular epidemiology and antimicrobial resistance determinants of multidrug- resistant Acinetobacter baumannii in five proximal hospitals in Taiwan. Jpn. J. Infect. Dis., 64, 222-227.
43.    Y. Pfeifer, G. Wilharm, E. Zander, (2011). Molecular characterization of blaNDM-1 in an Acinetobacter baumannii strain isolated in Germany in 2007. J Antimicrob Chemother.
44.    George M. Eliopoulos, Lisa L. Maragakis, Trish M. Perl (2008). Acinetobacter baumannii: Epidemiology, Antimicrobial Resistance, and Treatment Options, Clinical Infectious Diseases, 46(8):1254-1263.
45.    Levin AS (2003). Treatment of Acinetobacter spp. Infections, Expert Opin Pharmacother, 1289-1296.
46.     Van Looveren M, Goossens H, and Group ARPAC Steering (2004). Antimicrobial resistance of Acinetobacter spp. in European. Clin Miccrobiol Infect, 684 -704.
47.    Centers for Disease Control and Prevention – CDC (2013). Antibiotic Resistance threats in the United States.
48.    Tuner PJ and Greenhalgh JM (2003). The activity of meropenem and comparators against of Acinetobacter spp. strains isolated from Euporean hospital 1977 -2000, Clin Microbil Infect, 563 -567.
49.    Lambert PA (2002). Mechanisms of antibiotic resistance in
Pseudomonas aeruginosa. JR Soc Med, 95 Suppl 41:22-26.
50.    Trương Anh Thư (2012). Đặc điểm dịch tễ học nhiễm khuân phổi bệnh viện tại khoa Hồi sức tích cực Bệnh viện Bạch Mai, 2008 – 2009, Luận án Tiến sĩ y học, Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương.
51.    Zavascki AP, Carvalhaes CG, Picao RC (2010). Multidrug-resistant Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter baumannii: resistance mechanisms and implications for therapy. Expert Rev Anti Infect Ther, 8(1):71-93.
52.    Helen W. Boucher, George H. Talbot, John S. Bradley (2009). Bad Bugs, No Drugs: No ESKAPE! An Update from the Infectious Diseases Society of America. Clinical Infectious Diseases, 48(1): 1-12.
53.    Đoàn Ngọc Duy, Trần Văn Ngọc (2012). Đặc điểm viêm phổi bệnh viện do pseudomonas aeruginosa tại bệnh viện Chợ Rẫy từ 6/2009 – 6/2010. Y học TP HCM – HNKHKT-ĐHYD TP HCM lần thứ 29; 87-93.
54.    Amerincan Thoracic Society (2005). Guidelines for the management of adults with hospital – accquired, ventialtor associated, and healthcare – associated pneuminia, Am JRespir Crit Care Med, 388 – 416.
55.    Roger F, Peter D, Mark Wand William (2012). Antimicrobial Chemotherapy. Oxford University Press. Sixth edition. 90-123.
56.    Mouloudi, E., Protonotariou, E., Zagorianou, A., et al, (2010). Bloodstream infections caused by metallo-P-lactamase/'Klebsiella pneumoniae carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae among intensive care unit patients in Greece: risk factors for infection and impact of type of resistance on outcomes. Infect Control Hosp Epidemiol, 31, 1250-1256.
57.    Wimmerstedt A. and G. Kahlmeter (2008). Associated antimicrobial resistance in Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae and Streptococcus pyogenes. Clin Microbiol Infect, 14(4): p. 315-21.
58.    Ahmed MA, Mohamed AQ (2013). Increased vancomycin minimun inhibitory concentrations of methicillin-resistanct Staphylococcus aureus nosocomial isolates in Southwest Arabia. American J Epidermiol Infect Dis. 1 (4): 59-62.
59.    Lê Thị Bình (2014). Thực trạng nhiễm khuẩn tiết niệu mắc phải sau đặt thông tiểu tại bệnh viện Bạch Mai. Tạp chí Y học thực hành; (905), 12¬16.
60.    Podzorski RP, Li H, Han J, Tang YW (2008). MVPlex assay for direct detection of methicillin-resistant Staphylococcus aureus in naris and other swab specimens. J Clin Microbiol, 46(9):3107-3109.
61.    Hương ML (2011). Căn nguyên gây nhiễm trùng huyết và mức độ đề kháng kháng sinh của vi khuan phân lập tại bệnh viện Bạch Mai. Luận văn thạc sĩ.
62.    Nguyễn Văn Kính (2010). Phân tích thực trạng Sử dụng kháng sinh và kháng kháng sinh ở Việt Nam.
63.    Lê Đăng Hà và cs. (2005). Tình hình kháng thuốc của vi khuẩn gây bệnh thường gặp tại Việt Nam năm 2003, Hội nghị tổng kết hoạt động theo dõi sự kháng thuốc của vi khuẩn gây bệnh thường gặp tại Việt Nam năm 2004, 1-11.
64.    Trần Văn Hưng và cs (2005). Nhiễm khuẩn bệnh viện trên bệnh nhân bỏng điều trị tại Bệnh viện Trung ương Huế 2001-2004, Tạp chí Y học thực hành, số 518, 39-44.
65.    Ngô Chí Cương (2008). Khảo sát đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng, tính nhạy cảm kháng sinh và điều trị kháng sinh trong nhiễm khuẩn huyết do Acinetobaceter baumanni, tại Bệnh viện Bạch Mai. Luận văn tốt nghiệp Bác sĩ nội trú bệnh viện.
66.    Trần Thị Bích Hồng (2007). Nghiên cứu tỉ lệ, mức độ kháng kháng sinh và phân bố của một số chủng vi khuẩn Gram âm sinh beta-lactamase phổ rộng tại Bệnh viện 103. Luận văn thạc sĩ Y học, Học viện Quân Y.
67.    Lưu Thị Vũ Nga (2008). Xác định tỉ lệ mang gen PAP, AFA và tình hình kháng kháng sinh của các chủng Escherichia coli gây nhiễm khuẩn tiết niệu. Luận văn thạc sĩ Y học, Trường Đại học Y Hà Nội.
68.    Bế Hồng Thu, Lại Văn Hoàn, Lý Ngọc Hà (2013). Đánh giá thực trạng nhiễm khuẩn bệnh viện tại trung tâm Chống độc bệnh viện Bạch Mai từ 01/01/2009 – 31/12/2010. Tạp chí Yhọc thực hành, (10), 19-23.
69.    Văn Đình Tráng (2011). Nghiên cứu mức độ nhạy cảm với kháng sinh và phân loại bằng PFGE các chủng Acinetobacter baumannii phân lập tại bệnh viện bệnh nhiệt đới Trung ương năm 2009. Luận án tiến sĩ y học.
70.    Lê Kiến Ngãi, Trần Văn Hường, Nguyễn Thị Hoài Thu và cộng sự (2011). Tỷ lệ mắc mới, kết quả điều trị và một số yếu tố nguy cơ nhiễm khuẩn huyết tại Khoa Hồi sức tích cực Bệnh viện Nhi Trung ương. Tạp chí Y học lâm sàng, 80-85.
71.    Ngô Thị Hồng Phương, Nguyễn Quốc Hiệu, Cao Hữu Nghĩa và cs (2013). Tình hình kháng kháng sinh của Acinetobacter baumannii phát hiện được tại viện Pasteur thành phố Hồ Chí Minh. Tạp chí khoa học ĐHSP TP Hồ Chí Minh, (47), 112-118.
72.    Alexandra S. Simões, Isabel Couto, Cristina Toscano, et al (2016). Prevention and Control of Antimicrobial Resistant Healthcare- Associated Infections: The Microbiology Laboratory Rocks. Frontiers in Microbiology; 7:855.
73.    Bộ Y tế (1997). Quy chế Bệnh viện. Quyết định số 1895/1997/BYT-QĐ ngày 19/9/1997 của Bộ Y tế.
74.    Richard B. Thomson, Jr. and Gary V. Doern (2011). What Will the Role of the Clinical Microbiology Laboratory Director Be in 2015? Journal of Clinical Microbiology, Sept.,p.S68-S71.
75.     Richard B.Thomson, Jr., Michael L. Wilson (2010). The Clinical Microbiology Laboratory Directorin the United States Hospital Setting. Journal of Clinical Microbiology, Oct.2010,p.3465-3469.
76.    J. Ezzellea, I. R. Rodriguez-Chavezc, J. M. Darden (2008). Guidelines on Good Clinical Laboratory Practice. J Pharm Biomed Anal. January 7; 46(1): 18-29.
77.    Bộ Y tế (2013). Quy định về tổ chức hoạt động của Hội đồng thuốc và điều trị trong bệnh viện. Thông tư số 21/2013/TT-BYT ngày 08/8/2013 của Bộ Y tế.
78.     Dancer, S.J., Varon Lopez, et al (2015). Microbiology service centralization: a step too far. J. Hosp. Infect. 91, 292-298.
79.    Peterson L, Miller JM. (1999). Clin Micro Net. Microbiology directors forum. Washington, DC: US Department of Health and Human Services.
80.    Bộ Y tế (2013). Hướng dẫn đào tạo liên tục trong lĩnh vực y tế. Thông tư 22/2013/TT-BYT ngày 09 tháng 8 năm 2013.
81.    Quốc hội nước cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam (2009). Luật khám bệnh, chữa bệnh.
82.    Bộ Y tế (2012). Quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về thực hành và an toàn sinh học tại phòng xét nghiệm. Thông tư 25/2012/TT-BYT ngày 26/11/2012 của Bộ Y tế.
83.    Bộ Y tế (2013). Quy định chi tiết phân tuyến chuyên môn kỹ thuật đối với hệ thống cơ sở khám bệnh, chữa bệnh. Thông tư số 43/2013/TT-BYT ngày 11/12/2013 của Bộ Y tế.
84.    Bộ Y tế (2016). Quy định tổ chức và hoạt động của khoa Vi sinh trong bệnh viện. Thông tư số 33/TT-BYT ngày 19/9/2016 của Bộ Y tế.
85.    Bộ Khoa học và Công nghệ (2014). TCVN ISO 15189:2014. Phòng thí nghiệm Y tế – Yêu cầu về chất lượng và năng lực.
86.    Naing L., Winn T., Rusli B.N. (2006). Practical Issues in Calculating the Sample Size for Prevalence Studies,Archives of Orofacial Sciences, 1, 9¬14.
87.    Clinical Laboratory Standards Institute – CLSI (2015). Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility Testing; Twenty-fifth infornational supplement. M100-S25.
88.    Clinical Laboratory Standards Institute – CLSI (2015). Performance Standards for Antimicrobial for Antimicrobial Disk Susceptibility Tests; Approved Standard – Twelfth edition. M02-A12.
89.    Clinical Laboratory Standards Institute – CLSI (2012). Performance standards for antimicrobial susceptibility testing: 22st informational supplement. CLSI document M100-S22; Vol. 32 No. 3, January 2012.
90.    Clinical Laboratory Standards Institute – CLSI (2012). Methods for dilution Antimicrobial Susceptibility Tests for bacteria that grow aerobically; Approved Standard – Ninth edition. M07-A9.
91.    Bộ Y tế – Bộ Nội Vụ (2007). Định mức biên chế sự nghiệp trong các cơ sở y tế nhà nước. Thông tư liên tịch số 08/2007/TTLT-BYT-BNV ngày 05/6/2007 của Bộ Y tế và Bộ Nội vụ.
92.    Thủ tướng Chính phủ (2010). Quy định chi tiết thi hành Luật phòng chống bệnh truyền nhiễm về đảm bảo an toàn sinh học tại phòng xét nghiệm. Nghị định số 92/2010/NĐ-CP ngày 30/8/2010 của Chính phủ.
93.    Bộ Y tế (2011). Hướng dẫn cấp chứng chỉ hành nghề đối với người hành nghề và cấp giấy phép hoạt động đối với cơ sở khám bệnh, chữa bệnh. Thông tư 41/2011/TT-BYT ngày 14/11/2011 của Bộ Y tế.
94.    Bộ Y tế (2015). Sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư 41/2011/TT- BYT ngày 14/11/2011 của Bộ Y tế về việc hướng dẫn cấp chứng chỉ hành nghề đối với người hành nghề và cấp giấy phép hoạt động đối với cơ sở khám bệnh, chữa bệnh. Thông tư 41/2015/TT-BYT ngày 16/11/2015 của Bộ Y tế.
95.    Bộ Y tế (2012). Hướng dẫn kiểm soát nhiễm khuẩn áp dụng trong các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh. Quyết định số 3671/QĐ-BYT ngày 27/9/2012 của Bộ Y tế.
96.    Peleg AY, Hooper DC (2010). Hospital-Acquired Infections Due to Gram Negative Bacteria. N Engl J Med;362:1804-13.
97.    Institute for Healthcare improvement (IHI) (2009). 5 Millions Lives Campaign, How to Guide: Prevent surgical site infections. Accessed
September 11, 2009.
98.    Paterson DL, Ko WC, Von Gottberg A, et al (2004). International prospective study of Klebsiella pneumoniae bacteremia: implications of extended-spectrum beta-lactamase production in nosocomial Infections. Ann Intern Med 2004, 140(1): 26-32.
99.    Boucher HW, Talbot GH, Bradley JS (2009). Bad bugs, no drugs: no ESKAPE! An update from the Infectious Diseases Society of America. Clin Infect Dis 2009, 48(1): 1-12.
100.    Koksal F, Ak K, Kucukbasmaci O, Samasti M (2009). Prevalence and antimicrobial resistance patterns of extended-spectrum beta-lactamase- producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae isolated from blood cultures in an Istanbul University Hospital. Chemotherapy 2009, 55(4):293-297.
101.    Kruse AY, Thieu Chuong do H, Phuong CN (2009). Neonatal bloodstream infections in a pediatric hospital in Vietnam: a cohort study. J Trop Pediatr, 59(6):483-488.
102.    Murray BE (1992). Beta-lactamase-producing enterococci. Antimicrob Agents Chemother, 36(11):2355-2359.
103.    Phuong, D.M. (2010). The feature of pathogens causing bacteremia in Bach Mai hospital – 2008. Journal of clinical medicine, 32-38.
104.    Đoàn Thị Hồng Hạnh (2011). Nghiên cứu khả năng sinh beta-lactamase phổ rộng của các vi khuan Gram âm phân lập được tại bệnh viện Việt Nam – Thuỵ Điển Uông Bí. Luận án Tiến sĩ, Học Viện Quân y.
105.    Coque TM, Baquero F, Canton R (2008). Increasing prevalence of ESBL-producing Enterobacteriaceae in Europe. Euro Surveill, 13(47).
106.    Nguyễn Thị Xuyên, Lương Ngọc Khuê, Trần Quỵ, Hoàng Thị Kim Huyền (2015). Hướng dân sử dụng kháng sinh. Bộ Y tế. 19-53.
107.    Trần Đức Hậu (2007). Kháng sinh. Hoá dược tập 2. Nhà xuất bản Y học. 102-176.
108.    Oliveira DC, Tomasz A, de Lencastre H (2002). Secrets of success of a human pathogen: molecular evolution of pandemic clones of meticillin- resistant Staphylococcus aureus. Lancet Infect Dis, 2(3):180-189.
109.    Nguyễn Việt Hùng, Nguyễn Thị Mỹ Châu và cs (2002). Tình hình nhiễm khuẩn bệnh viện tại Bệnh viện Bạch Mai, Công trình nghiên cứu khoa học, Nhà xuất bản Y học, Hà Nội, 123-127.
110.    The National Association for Research in Science Teaching (2013). Annual International conference. Puerto Rico, April 6 – 9.
111.    Lodise TP, Graves J, Evans A (2008). Relationship between vancomycin MIC and failure among patients with methicillin-resistant Staphylococcus aureus bacteremia treated with vancomycin. Antimicrob Agents Chemother, 52(9):3315-3320.
112.    Đoàn Mai Phuơng (2010). Đánh giá mức độ kháng kháng sinh của các vi khuẩn gây bệnh phân lập tại bệnh viện Bạch Mai trong 3 năm 2008- 2009-2010. Tạp chí Y học lâm sàng Bệnh viện Bạch Mai,192-199.
113.    Kang CI, Kim SH, Park WB (2004). Bloodstream infections due to extended-spectrum beta-lactamase-producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae: risk factors for mortality and treatment outcome, with special emphasis on antimicrobial therapy. Antimicrob Agents Chemother, 48(12):4574-4581.
114.    N. Patel, S. Harrington, A. Dihmess, et al (2011). Clinical epidemiology of carbapenem – intermediate or – resistant Enterobacteriaceae. J Antimicrob Chemother, 66(7):1600-1608.
115.    Munoz-Price LS, Poirel L, Bonomo RA, et al (2013). Clinical epidemiology of the global expansion of Klebsiella pneumoniae carbapenemases. Lancet Infect Dis, 13(9):785-796.
116.    Knothe H, Shah P, Krcmery V, Antal M, Mitsuhashi S (2014). Transferable resistance to cefotaxime, cefoxitin, cefamandole and cefuroxime in clinical isolates of Klebsiella pneumoniae and Serratia marcescens.In/ection,11(6):315-317.
117.    Paterson DL, Ko WC, Von Gottberg A, et al (2004). International prospective study of Klebsiella pneumoniae bacteremia: implications of extended-spectrum beta-lactamase production in nosocomial Infections. Ann Intern Med, 140(1):26-32.
118.    Đoàn Mai Phương, Nguyễn Quốc Anh (2012). Nhiễm trùng do Acinetobacter baumannii và mức độ kháng kháng sinh của các chủng Acinetobacter tại bệnh viện Bạch Mai, Tạp chí Y học Việt Nam tháng 2 số 1, tr 7-12.
119.    Principe L, Capone A, Mazzarelli A (2013). In vitro activity of doripenem in combination with various antimicrobials against multidrug-resistant Acinetobacter baumannii: possible options for the treatment of complicated infection. Microb Drug Resist, 19(5):407-414.
120.    Miller C, Kong J, Tran TT, Arias CA (2014). Adaptation of Enterococcus faecalis to daptomycin reveals an ordered progression to resistance. Antimicrob Agents Chemother. Jan;58(1):631.
ĐẶT VẤN ĐỀ Năng lực xét nghiệm vi sinh và thực trạng kháng kháng sinh tại một số bệnh viện đa khoa tuyến tỉnh năm 2012 – 2015

Chương 1. TỔNG QUAN    3
1.1.    Năng lực xét nghiệm vi sinh và thực trạng kháng kháng sinh    3
1.1.1.    Năng lực xét nghiệm vi sinh    3
1.1.1.1.    Vai trò của phòng xét nghiệm vi sinh tại các bệnh viện trong
quản lý, kiểm soát bệnh nhiễm khuẩn và kháng kháng sinh    3
1.1.1.2.     Quản lý chất lượng xét nghiệm vi sinh trên thế giới    5
1.1.1.3.    Thực trạng quản lý chất lượng xét nghiệm vi sinh ở Việt Nam,
những vấn đề tồn tại    8
1.1.1.4.    Vai trò chỉ đạo tuyến của bệnh viện trung ương trong việc nâng
cao năng lực xét nghiệm vi sinh tại các bệnh viện tuyến tỉnh    13
1.1.2.    Thực trạng kháng kháng sinh của vi khuẩn    16
1.1.2.1.    Lịch sử hiện tượng kháng kháng sinh của vi khuẩn    16
1.1.2.2.    Cơ chế kháng kháng sinh của vi khuẩn    17
1.1.2.3.    Thực trạng kháng kháng sinh của vi khuẩn tại bệnh viện trên thế giới .. 19
1.1.2.4.    Thực trạng kháng kháng sinh của vi khuẩn tại bệnh viện ở Việt Nam .. 25
1.2.     Một số yếu tố liên quan đến năng lực xét nghiệm vi sinh    27
Chương 2. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU    33
2.1.    Năng lực xét nghiệm vi sinh của 26 bệnh viện đa khoa tuyến tỉnh    33
2.1.1.    Đối tượng và địa điểm nghiên cứu    33
2.1.2.    Thời gian nghiên cứu    33
2.1.3.    Phương pháp nghiên cứu    33
2.1.3.1.    Nghiên cứu định lượng    33
2.1.3.2.    Nghiên cứu định tính    43
2.1.4.    Quản lý và xử lý số liệu    43
2.2.    Thực trạng kháng kháng kháng sinh của vi khuẩn gây bệnh tại 2 bệnh viện … 43
2.2.1.    Đối tượng nghiên cứu    43
2.2.2.    Địa điểm nghiên cứu    44
2.2.3.    Thời gian nghiên cứu    44 
2.2.4.    Phương pháp nghiên cứu    45
2.2.5.    Chỉ số nghiên cứu    46
2.2.6.    Vật liệu nghiên cứu    46
2.2.7.    Kỹ thuật định danh và kháng sinh đồ tự động    47
2.2.8.    Phân loại kháng sinh theo nhóm báo cáo A, B, C, O, U    49
2.2.9.    Quản lý và xử lý số liệu    51
2.3.    Các sai số và biện pháp khống chế sai số    51
2.4.    Đạo đức nghiên cứu    51
Chương 3. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU    53
3.1.    Năng lực xét nghiệm vi sinh của 26 bệnh viện đa khoa tuyến tỉnh và
thực trạng kháng kháng sinh tại 2 bệnh viện    53
3.1.1.    Năng lực xét nghiệm vi sinh của 26 bệnh viện đa khoa tuyến tỉnh …. 53
3.1.1.1.    Cơ cấu tổ chức và nhân lực cho xét nghiệm vi sinh    53
3.1.1.2.    Thiết bị, sinh phẩm xét nghiệm vi sinh    56
3.1.1.3.    Hoạt động chuyên môn về xét nghiệm vi sinh    57
3.1.1.4.    Năng lực xét nghiệm vi sinh của các bệnh viện    60
3.1.2.    Thực trạng kháng kháng sinh tại 2 bệnh viện đa khoa tuyến tỉnh    61
3.1.2.1.    Các vi khuẩn gây bệnh thường gặp tại bệnh viện    61
3.1.2.2.    Thực trạng kháng kháng sinh của vi khuẩn tại 2 bệnh    viện    62
3.2.    Một số yếu tố liên quan đến năng lực xét nghiệm vi sinh    và chỉ    định
xét nghiệm của bác sĩ lâm sàng    66
3.2.1.    Thực hiện quy chế, quy định của ngành Y tế    66
3.2.2.    Đào tạo liên tục về Vi sinh cho nhân viên xét nghiệm và bác sĩ lâm
sàng tại các bệnh viện    67
3.2.3.    Nghiên cứu khoa học về vi sinh và việc quản lý dữ liệu vi sinh tại
các bệnh viện      68
3.2.4.    Mức độ chỉ định xét nghiệm vi sinh của các bác sĩ lâm sàng    69
Chương 4. BÀN LUẬN    77
4.1.    Năng lực xét nghiệm vi sinh và thực trạng kháng kháng sinh    78
4.1.1.    Năng lực xét nghiệm vi sinh của 26 bệnh viện đa khoa tuyến tỉnh .. 78
4.1.1.1.    Cơ cấu tổ chức và nhân lực cho xét nghiệm vi sinh    78
4.1.1.2.    Trang thiết bị, sinh phẩm xét nghiệm vi sinh    81
4.1.1.3.    Hoạt động chuyên môn về xét nghiệm vi sinh    83
4.1.2.    Thực trạng kháng kháng sinh của vi khuẩn tại bệnh viện    88
4.1.2.1.    Phân bố các vi khuẩn gây bệnh thường gặp tại bệnh viện    89
4.1.2.2.     Thực trạng kháng kháng sinh của vi khuẩn    92
4.2.    Một số yếu tố liên quan đến năng lực xét nghiệm vi sinh và chỉ định xét nghiệm của bác sĩ lâm sàng    102
4.2.1.    Việc thực hiện quy định, quy chế của ngành Y tế    102
4.2.2.    Đào tạo liên tục về vi sinh cho nhân viên xét nghiệm và bác sĩ lâm
sàng tại các bệnh viện    104
4.2.3.    Nghiên cứu khoa học về vi sinh và việc quản lý dữ liệu vi sinh tại
các bệnh viện    105
4.2.4.    Mức độ chỉ định xét nghiệm vi sinh của các bác sĩ lâm sàng    105
KẾT LUẬN    111
KIẾN NGHỊ    113
MỘT SỐ CÔNG TRÌNH NGHIÊN CỨU ĐÃ CÔNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN
LUẬN ÁN    114
TÀI LIỆU THAM KHẢO
PHỤ LỤC 
CHỮ VIẾT TẮT
A. baumannii    : Acinetobacter baumannii
BS    : Bác sĩ
BV    : Bệnh viện
CCHN    : Chứng chỉ hành nghề
CKI    : Chuyên khoa cấp I
CKII    : Chuyên khoa cấp II
CLSI    : Clinical and Laboratory Standards Institute (Viện Tiêu chuẩn lâm sàng và xét nghiệm – Hoa Kỳ)
E. coli    : Escherichia coli
ESBL    : Extended spectrum beta-lactamase (Enzyme beta – lactamase phổ mở rộng)
GS    : Giáo sư
ISO    : International Organization for Standardization (Tổ chức Tiêu chuẩn hoá Quốc tế)
K. pneumoniae KSĐ    : Klebsiella pneumoniae : Kháng sinh đồ
KTV    : Kỹ thuật viên
MRSA    : Methicillin resistant S. aureus (Tụ cầu vàng kháng methicillin)
P. aeruginosa PGS    : Pseudomonas aeruginosa : Phó giáo sư
SL    : Số lượng
S. aureus    : Staphylococcus aureus
TS    : Tiến sĩ
VK    : Vi khuẩn
VRSA    : Vancomycin resistant Staphylococcus aureus (Tụ cầu vàng kháng vancomycin)
XN    : Xét nghiệm

Bảng 1.1. Số lượt cán bộ y tế được đào tạo liên tục về chuyên ngành Vi sinh… 16
Bảng 2.1. Chỉ số đánh giá năng lực thực hiện xét nghiệm vi sinh    39
Bảng 2.2. Chỉ số đánh giá đảm bảo chất lượng xét nghiệm vi sinh    41
Bảng 2.3. Phân loại kháng sinh theo nhóm báo cáo A, B, C, O, U    50
Bảng 3.1. Cơ cấu tổ chức cho xét nghiệm vi sinh tại các bệnh viện    53
Bảng 3.2. Số lượng và trình độ của nhân viên xét nghiệm vi sinh    54
Bảng 3.3. Chuyên ngành đào tạo của nhân viên xét nghiệm vi sinh    54
Bảng 3.4. Thâm niên công tác của nhân viên xét nghiệm vi sinh    55
Bảng 3.5. Thiết bị xét nghiệm vi sinh thiết yếu hiện có tại các bệnh viện    56
Bảng 3.6. Tình hình theo dõi, hiệu chuẩn thiết bị xét nghiệm vi sinh tại các
bệnh viện    57
Bảng 3.7. Sinh phẩm sử dụng nuôi cấy vi khuẩn hiện đang sử dụng tại các
bệnh viện     57
Bảng 3.8. Xét nghiệm vi sinh đang thực hiện tại các bệnh viện    57
Bảng 3.9. Quy trình xét nghiệm vi sinh của các bệnh viện    58
Bảng 3.10. Thực hiện nội kiểm, ngoại kiểm chất lượng xét nghiệm vi sinh .. 59 Bảng 3.11. Mức độ thành thạo kỹ thuật xét nghiệm vi sinh của nhân viên xét
nghiệm    59
Bảng 3.12. Năng lực thực hiện xét nghiệm vi sinh của các bệnh viện    60
Bảng 3.13. Năng lực đảm bảo chất lượng xét nghiệm vi sinh của các bệnh viện… 60
Bảng 3.14. Phân bố các vi khuẩn gây bệnh thường gặp tại bệnh viện    61
Bảng 3.15. Kết quả kháng sinh đồ của Escherichia coli    62
Bảng 3.16. Kết quả kháng sinh đồ của Staphylococcus aureus    63
Bảng 3.17. Kết quả kháng sinh đồ của Pseudomonas aeruginosa    63
Bảng 3.18. Kết quả kháng sinh đồ của Klebsiella pneumoniae    64
Bảng 3.19. Kết quả kháng sinh đồ của Acinetobacter baumannii    65
Bảng 3.20. Kết quả kháng sinh đồ của Enterococcus spp    65
Bảng 3.21. Thực hiện quy định của ngành Y tế    66 
Bảng 3.22. Khoa/phòng xét nghiệm vi sinh thống kê và thông báo tới các bác
sĩ lâm sàng các loài vi khuẩn và mức độ kháng kháng sinh    66
Bảng 3.23. Tổ chức đào tạo liên tục về vi sinh lâm sàng    67
Bảng 3.24. Thời điểm gần nhất được đào tạo cập nhật kiến thức về vi sinh của nhân viên xét nghiệm vi sinh    67
Bảng 3.25. Thực trạng đào tạo liên tục về vi sinh lâm sàng của các bác sĩ …. 67 Bảng 3.26. Những nội dung đào tạo về vi sinh mà các bác sĩ lâm sàng mong
muốn được tham gia    68
Bảng 3.27. Công tác nghiên cứu khoa học về vi sinh trong 3 năm trước thời
điểm nghiên cứu của các bệnh viện    68
Bảng 3.28. Mức độ tham gia nghiên cứu khoa học của nhân viên xét nghiệm
vi sinh    69
Bảng 3.29. Quản lý dữ liệu xét nghiệm vi sinh và kháng sinh đồ bằng phần
mềm WHONET tại các bệnh viện    69
Bảng 3.30. Mức độ chỉ định xét nghiệm vi sinh của bác sĩ lâm sàng    69
Bảng 3.31. Lý do bác sĩ lâm sàng ít hoặc chưa chỉ định xét nghiệm vi sinh    70
Bảng 3.32. Mối liên quan giữa một số yếu tố về năng lực xét nghiệm vi sinh
và mức độ chỉ định xét nghiệm nuôi cấy vi khuẩn    71
Bảng 3.33. Phân tích hồi quy đa biến giữa một số yếu tố về năng lực xét
nghiệm vi sinh và mức độ chỉ định xét nghiệm nuôi cấy vi khuẩn    72
Bảng 3.34. Mối liên quan giữa một số đặc trưng cá nhân của các bác sĩ lâm
sàng và mức độ chỉ định xét nghiệm nuôi cấy vi khuẩn    73
Bảng 3.35. Phân tích hồi quy đa biến các yếu tố liên quan giữa một số đặc
trưng cá nhân của các bác sĩ lâm sàng và mức độ chỉ định xét nghiệm    74
Bảng 3.36. Mối liên quan giữa lý do ít chỉ định xét nghiệm và mức độ    chỉ
định xét nghiệm nuôi cấy vi khuẩn của bác sĩ lâm sàng    75
Bảng 3.37. Phân tích hồi quy đa biến các yếu tố liên quan đến lý do ít chỉ định
xét nghiệm của bác sĩ    76
Bảng 3.38. Mức độ ủng hộ của bác sĩ lâm sàng về việc triển khai các xét nghiệm vi sinh tại bệnh viện    76 

 
Biểu đồ 3.1. Chứng chỉ hành nghề xét nghiệm vi sinh    55
Biểu đồ 3.2. Phân nhóm vi khuẩn gây bệnh thường gặp tại bệnh viện    61
Hình 2.1. Máy VITEK 2 Compact    48
Hình 2.2. Khay đặt ống nghiệm và thẻ    49 
ĐẶT VẤN ĐỀ