So sánh giải trình tự định danh Leptospira spp trên hai gen mục tiêu rpoB và 16S rRNA

So sánh giải trình tự định danh Leptospira spp trên hai gen mục tiêu rpoB và 16S rRNA
Comparative sequence analysis of the two genes rpoB and 16S rRNA to identify Leptospira species
Tác giả: Hoàng Kim Loan, Đinh Thị Ngọc Anh, Lạc Ngọc Thêm, Nguyễn Viết Chánh, Phùng Lê Trâm, Nguyễn Minh Châu, Lê Thanh Tùng, Phạm Công Trung, Vũ Thị Quế Hương
Tóm tắt:
Nhằm giới thiệu một công cụ mới trong việc định danh, góp phần tìm hiểu, xác định đặc tính di truyền một cách chính xác và đầy đủ các chủng Leptospira lưu hành tại Việt Nam, bổ sung thông tin về dịch tễ học Leptospirosis, chúng tôi tiến hành nghiên cứu so sánh kết quả giải trình tự trên hai gen mục tiêu rpoB và 16S rRNA. Nghiên cứu thực hiện trên 7 mẫu AND từ mô thận động vật gặm nhấm được giải trình tự, phân tích đặc tính di truyền của nucleic acids trên gen rpoB, tiến hành so sánh với kết quả nghiên cứu đã công bố trước đây trên gen 16S rRNA của cùng mẫu ADN. Kết quả cho thấy, cả 7 mẫu định danh trên gen rpoB đều thuộc nhóm Leptospira gây bệnh. So sánh độ tương đồng với các chủng đã công bố trên Gen Bank, chúng tôi thấy: có 4/7 mẫu có kết quả giống nhau trên hai gen, 3/7 mẫu có kết quả định danh khác nhau giữa hai gen. Kết quả này khẳng định, hoàn toàn có thể áp dụng gen rpoB trong việc sàng lọc định danh Leptospira từ mẫu mô nhằm định danh, phân tích đặc tính di truyền ban đầu Leptospira và khả năng phát hiện loài mới. Để củng cố và gia tăng tính chính xác của việc định danh Leptospira trên gen rpoB cần tiến hành nghiên cứu thêm trên mẫu lâm sàng và mẫu phân lập vi sinh; so sánh phân tích với một số gen khác trong áp dụng trong phân tích di truyền Leptospira.