Nghiên cứu ứng dụng kỹ thuật RT-PCR xác định và phân tích đặc điểm phân tử đoạn gen M của vi rút hanta trên chuột thu thập tại một số điểm trên địa bàn Hà Nội, 2015

Nghiên cứu ứng dụng kỹ thuật RT-PCR xác định và phân tích đặc điểm phân tử đoạn gen M của vi rút hanta trên chuột thu thập tại một số điểm trên địa bàn Hà Nội, 2015
Optimization and application of RT-PCR technique to detect and analyze molecular characteristics of M gene fragment of hantavirus in rats collected at some sites in Hanoi, 2015
Tác giả: Nguyễn Tuyết Thu, Phan Hà Mỵ, Nguyễn Thị Kiều Anh
Tóm tắt:
Nghiên cứu nhằm tối ưu hóa các điều kiện của kỹ thuật RT-PCR chẩn đoán vi rút hanta trên chuột và xác định, phân tích các đặc điểm di tryền đoạn gen M của vi rút hanta phân lập được tại Hà Nội, năm 2015. Kết quả đã xác định được các điều kiện tối ưu của kỹ thuật RT – PCR, sử dụng cặp mồi SEO-MF 1936 và SEO-MR 2353, sinh phẩm one step RT – PCR Qiagen là nhiệt độ gắn mồi 520C, 35 chu kỳ với thời gian kéo dài chuỗi là 1 phút, giới hạn phát hiện là 1x103copy/phản ứng. Áp dụng phương pháp RT-PCR đã xác định được 1/121 chuột thu thập tại một số điểm ở Hà Nội dương tính với vi rút hanta. Phân tích cây gia hệ xây dựng dựa trên đoạn gen M cho thấy vi rút hanta phân lập tại Hà Nội năm 2015 thuộc nhóm SEOV cùng với các vi rút hanta phân lập ở Trung Quốc, Nhật bản, Hàn Quốc và Indonesia. Vi rút nằm chung dưới nhóm các vi rút phân lập ở Việt Nam, nhưng tạo một cluster riêng biệt với các vi rút lưu hành trước đó tại Hà Nội và Hải Phòng. Mức độ tương đồng N và aa với vi rút Hanta lưu hành tại Hà Nội và Hải Phòng tương ứng là 87,4%- 90% và 88,6 – 99,5%.